这样“蹭”铜死亡热点，发8+文章so easy

骚

撰写：生信小师妹 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末
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前两天为大家介绍了什么是铜死亡（最近热炒的“铜死亡”怎么就忽然火起来了呢?看完这篇文章你就全明白了），以及如何才能使铜死亡“为我所用”（2022最具潜力热点“铜代谢”到底是个啥？我们这就帮你整理好了）。今天直接文献案例解析如何“蹭”铜死亡进行生信发文。文章标题：Identification of cuproptosis-related subtypes, characterization of tumor microenvironment infiltration, and development of a prognosis model in breast cancer.



研究背景
铜死亡（CuProtosis）是一种新发现的程序性细胞死亡过程，与肿瘤治疗敏感性、患者预后和癌症的发生有关，这表明它可以作为诊断或治疗的潜在生物标志物。因此该研究旨在揭示可作为乳腺癌诊断和治疗的新靶点，从而为乳腺癌的诊断和治疗提供新的研究方向。
研究思路
首先根据铜死亡相关基因（CRGs）的表达水平，将1168例乳腺癌患者按其分子特征分为两组。然后根据两组亚型患者的差异表达基因，又将患者聚类分组为四种基因亚型。最后，创建了CRG评分方法来预测患者的预后，并评估了CRG的预后性能及临床应用价值。
研究结果
首先，发现铜死亡相关基因（CRGs）在乳腺癌患者癌与癌旁组间差异表达，且CRGs表达水平与患者生存预后相关。同时CNV分析发现大多数CRG存在拷贝数变异。说明铜死亡影响乳腺癌的发病及患者预后，值得进一步研究。



然后，发现基于CRGs表达可以对乳腺癌患者进行分层（CRGclusterA，CRGclusterB）且两亚型组间患者的免疫浸润情况，功能通路以及生存预后都有显著差异。说明CRGs表达在乳腺癌患者中具有显著异质性，可以基于CRGs进行乳腺癌肿瘤分子分型（CRGclusterB亚型预后好于CRGclusterA亚型）。



接下来，作者通过共识聚类法，根据预后基因将1139例乳腺癌患者分为四个分子遗传学类型（geneClusterA,B,C,D），并研究了乳腺癌患者的临床特征与基因亚型之间的关系。发现geneClusterD亚型患者的预后最差，而geneClusterC亚型患者的预后最好，同时说明CRGs表达在四组患者间均具有显著差异。然后作者就通过Lasso回归分析和多变量COX分析，基于亚型相关的预后基因构建了6-signature的预后模型。



再接下来，就是探究预后模型的预测性能了。先基于预后模型计算每个患者的风险值，探究风险值与患者分型的关系。然后基于风险值和临床信息构建nomogram改善预后预测性能，最后ROC分析评估nomogram预测准确性。



最后，探究高低风险组患者的免疫浸润，基因突变、肿瘤突变负荷（TMB）及临床特征。并且还进行了药物敏感性分析。分析结果显示风险值与多种免疫细胞显著相关；高低风险组患者基因突变存在显著差异；TMB水平与基因亚型间存在显著关联；此外发现在风险值较高的患者组中，紫杉醇、长春花碱等用于治疗乳腺癌的几种药物的IC50值较高，推测低风险组患者对这些化疗药物可能治疗更敏感。



小编有话说
就这篇文章的研究思路及分析方法，小编只能说很成熟的肿瘤预后研究，无槽点无亮点。小编想说的是，赶紧看看自己研究的疾病有没有铜死亡相关生信文章发表，没有的话现在不赶紧“蹭”一篇还在等什么！
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