坏死性凋亡+免疫浸润+药敏性纯生信思路,多热点联合一举 ...

广东果果

铜死亡、免疫原性死亡等均适用，速上车
Q：小云，小云，听说新型细胞死亡类型的生信好发文，有没有推荐的具体方向呢？生信小白在线求解答
A：免疫原性细胞死亡、铜死亡、坏死性凋亡、线粒体自噬等，有没有感兴趣的呢？可以看下小云的文章思路推荐哦~

• 免疫原性细胞死亡
  
• 铁死亡、铜死亡
  
• 坏死性凋亡
  
• 线粒体自噬
  

Q：坏死性凋亡是个新热点吗？它是凋亡还是坏死呀？有点傻傻分不清楚
A：哈哈哈！其实它既不是坏死，又不是凋亡，而是一种模拟细胞凋亡和坏死特征的受调节细胞死亡的替代模式。这也是一个新的热点哦，并且生信的发文量还没有很多，可以尝试一下哟
Q：那 “坏死性凋亡”有没有推荐思路呢？想发高分一点的文章
A：有的呢，可以关联多个国自然热点（比如免疫浸润、肿瘤微环境等），借力轻松发高分。小云每天都有最火最新的生信思路分享，保持关注哦！
*客官老爷请视察小云公号云生信学生物信息学，里面藏着980多篇的日更，原创干货，还可做各种意想不到项目
既然有小伙伴咨询了“坏死性凋亡”的生信发文思路，下面我们就以这篇7分+文章为例，一起来学习一下坏死性凋亡+免疫浸润+药敏性这3重热点叠加的思路是如何设计的吧。
发表时间：
2022年3月
发表杂志：
Frontiers inimmunology
影响因子：
7.561
文章题目：
基于坏死性凋亡开发的风险模型可预测肝细胞癌的总体生存率和可能的治疗药物的识别
公众号回复“Z123”获取文献原文

研究背景
坏死性凋亡是一种调节性细胞死亡 (RCD) 形式，可吸引和激活免疫细胞，从而产生促肿瘤或抗肿瘤作用。本研究的目的是筛选与坏死性凋亡相关的基因，构建用于预测肝细胞癌患者总体生存率的风险评分，并寻找潜在有效的药物。

数据来源



研究流程



主要结果
1. 坏死性凋亡评分的计算和 Kaplan-Meier 分析
基于“GSVA”R包使用ssGSEA计算富集分数，该分数可以定义为gobp 坏死性凋亡信号通路的坏死性凋亡评分。利用TCGA-LIHC 队列和GSE14520 数据集的表达谱数据和临床信息，计算坏死性凋亡评分，并根据评分高低分组进行KM分析比较，结果显示较高的坏死性凋亡评分与较差的预后和早期复发相关。



图1 Kaplan-Meier 曲线比较高低坏死性凋亡评分

2. 加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 和坏死性凋亡相关风险评分的开发
WGCNA 用于识别与坏死性凋亡评分密切相关的基因模块。TCGA-LIHC 和 GSE14520 数据集的 DEG 和坏死性凋亡相关模块中的基因被认为是可能影响 OS 或 RFS 的坏死性凋亡相关基因。首先，以TCGA-LIHC作为训练集，取三组基因的交集，然后通过单变量Cox回归分析与OS/RFS相关的基因的初始筛选。最终，随机森林分析选择具有可变重要性的前十个基因。通过对数秩检验将具有显着 p 值和7个基因的组合定义为预后特征，包括RDH16、S100P、TOP2A、CD24、IGF2BP2、CTSO 和 SLC27A5。预后特征和多变量 COX 回归用于确定最终模型的系数。







图2 筛选坏死性凋亡相关基因并构建风险评分

3. 评估和验证风险评分的预后价值
鉴于 OS 的风险评分具有良好的预测效果，我们将基于 7 个基因的风险评分定义为坏死性凋亡相关风险评分（NRS）。GSE14520 数据集和 LIRI-JP 被用作验证集，其中 NRS 的预测准确性通过ROC 进行评估。NRS可根据最佳截止点分为高低组。KM 分析用于比较高和低 NRS 之间的预后差异，并通过核平滑风险函数图表示两组的风险。





图3风险评分的预后价值评估

4. NRS 与 LIHC 免疫特征相关
基于两个方面评估 NRS 和免疫特征之间的关系：(1)细胞因子、人类白细胞抗原基因家族和免疫检查点的表达，(2) 免疫细胞的浸润（由 EPIC、CIBERSORT 和 ssGSEA 计算得出）。采用Pearson相关性分析NRS与免疫特征之间的相关性，通过Wilcox检验比较High-NRS和low-NRS基因表达和免疫细胞的差异。然后系统研究了免疫细胞的预后价值及其与NRS的关系。







图4 NRS 与 LIHC 免疫特征的相关性分析

5. 吉西他滨作为高 NRS 患者的潜在治疗剂
基于PRISM和CTRP2.0和“pRRophetic”R包的敏感性数据，预测高NRS患者的潜在治疗剂。GSE116444数据集、GDSC 和 CCLE可以进一步验证潜在的治疗药物。





图5 高 NRS 患者潜在治疗药物的预测

文章小结
本研究建立了一种基于坏死性凋亡分子特征的新型预后风险模型。利用坏死性凋亡进行预后研究，并且搭上了“免疫浸润”和“肿瘤药敏性”两大国自然热点，分析内容比较丰富充实，思路比较新颖，其他细胞死亡类型也可套用哦，换个癌种赶快找小云复现吧~


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<hr/>数据分析示例报告：
单基因在肿瘤中的生信分析
疾病药物代谢相关基因与肿瘤免疫、预后关系探讨
糖尿病周围神经病变铁死亡相关的基因分析