近期生信热点整理汇总！

琼瑶李桃

肿瘤代谢生信热点
肿瘤代谢一直是热门话题，nature reviews cancer（IF:69.8）杂志有一个专题：Diet and systemic metabolism，主要探讨了在系统调节、饮食和代谢疾病背景下对肿瘤代谢和生长的理解的最新进展。Nature Reviews Drug Discovery（IF:112.288）杂志“Targeting cancer metabolism in the era of precision oncology”的文章也针对靶向癌症代谢的最新发展做出过总结。
癌细胞会根据其组织来源、基因改变以及与系统性激素和代谢物相互作用的程度而获得独特的代谢偏好。这些代谢偏好也会支持癌细胞生长和增殖所需的营养需求。换句话说，肿瘤的发生依赖于细胞代谢的重编程。
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趋化因子生信分析热点
趋化因子是一组低分子量（约8~12kDa）的细胞因子，调节免疫细胞的运输与分化，是免疫系统功能行使的核心。
趋化因子主要功能：
1、器官发育：在器官发育和血管生成过程中引导干细胞迁移到适当的位置；介导细胞增殖；介导淋巴细胞的成熟。
2、免疫监视：介导免疫细胞在健康外周组织中的稳态，维持免疫耐受。
3、组织更新再生：引导干细胞和祖细胞迁移，以促进损伤后的组织更新或再生；促进愈合过程中的血管生成；促进上皮、内皮、间充质的愈合。
4、宿主防御：促进先天免疫细胞募集至感染部位，防止微生物传播；调节适应性免疫反应，包括免疫激活和免疫记忆；调控效应细胞功能和在外周组织的存活。
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新型可变剪切EIS生信热点
2021年MOLECULAR CELL发表一篇泛癌研究，公布了一种新可变剪切模式EIS（exitrons），可以简单的理解为好好的外显子在转录的过程中被剪切了一部分，部分隐内含子没有被完全转录。这些隐内含子可以在注释的外显子中拼接，因此具有拼接和编码的潜力。在肿瘤和正常样本中都观察到EIS剪切。研究表明，EIS可能具有病理功能，并有助于多种癌症的抗肿瘤免疫原性。
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巨噬细胞生信热点
七八月在顶级期刊上连发两篇高分reivew，可见势不可挡啊。以关键词“tumour-associated macrophages”在pubmed中搜索仅2022年就有1千篇多发表的文章。巨噬细胞是人体中非常重要的免疫细胞类型，大部分由骨髓单核细胞分化而来。作为先天免疫的重要部分，它可以直接吞噬杀伤外来的细菌，真菌和寄生虫等病原体。此外，还可以释放多种免疫因子激活其它适应性免疫细胞，为T细胞呈递外来抗原，通过抗原提呈参与激发适应性免疫的功能。
组织癌变之后巨噬细胞也不会歇着，它们就有了新的身份：肿瘤相关巨噬细胞(TAM）
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T细胞耗竭热点
在慢性感染或癌症期间，由于T细胞在长期不断地处于与入侵病原体或肿瘤细胞的战斗中，持久的暴露于抗原/炎症下，一批一批T细胞耗尽体力，累觉不爱无力再战，开始躺平，T细胞逐渐失去效应功能，记忆T细胞特征也开始缺失，这一过程，就被称为T细胞耗竭（T Cell Exhaustion）。
T细胞耗竭是目前抗癌免疫疗法的主要障碍。耗竭的T细胞，既失去产生如IL-2、TNFα等具有抗击肿瘤细胞因子的能力，又失去了增殖能力和细胞毒作用。随着T细胞的耗竭，病原体或肿瘤细胞往往趁机兴风作浪，对人体造成伤害。
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失巢凋亡热点
细胞与细胞外基质（ECM）粘附丧失或粘附不当定义为“失巢”，正常上皮细胞一旦失去与ECM的接触就会迅速发生凋亡，这就是失巢凋亡。
失巢凋亡是由于细胞脱离细胞外基质而启动的特殊的程序性细胞凋亡，在机体发育、组织自身平衡、疾病发生和肿瘤转移等方面起重要作用。当细胞失去与ECM的附着时，系留在细胞骨架上的促凋亡蛋白Bmf与动力蛋白轻链2发生解离，易位到线粒体，从而促进失巢凋亡的发生。
然而，肿瘤发展和生长的一个共同特征是在“独立”的生长条件下转化细胞的生存能力。这种对失巢凋亡的抵抗已经被证实与细胞内环境稳态丧失、癌症生长和转移有关，这种获得的能力被称为失巢凋亡抗性。具有抗失巢凋亡的癌细胞可以通过外周循环系统扩散到远处的组织或器官并导致癌症转移。研究控制抗失巢凋亡的分子机制将有助于探寻人类恶性肿瘤的有效疗法。


早筛热点
目前通过相关文献，可以发现一些端倪。肿瘤的早筛相关的文章，尤其是生信类文章，渐渐多了起来。可以说这个方向的热度已经起来了，大家如果有兴趣的话，可以将自己获得的基因或者模型去蹭下热点，这种事情，都是增光添彩的事，不做白不做。

目前，液体活检的生物标志物主要包括循环肿瘤细胞（CTCs）、循环肿瘤DNA（ctDNA）、细胞外囊泡（EVs，主要是外泌体）
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