国自然热点：细胞自噬相关基因研究思路

昻

原文转自：一起实验网

背景介绍

自噬（autophagy）是一种高度保守的溶酶体降解途径。
研究证实，自噬在体内参与了许多生理和病理调节过程，如细胞分化发育、细胞异常结构退化、免疫应激、肿瘤抑制、抗衰老、细胞死亡等。自噬与肿瘤发生之间的关系是一把双刃剑，在癌变前细胞中，自噬有助于维持生理组织的稳态，并通过根除受损的细胞器来避免癌症的早期发展。另一方面，在已确定的癌症中，活跃的自噬通量也为肿瘤细胞的存活和生长提供能量和大分子前体。自噬在肿瘤发生、维持免疫和肿瘤进展中起着至关重要的作用。
自2016 年日本细胞生物学家大隅良典因其在阐明细胞自噬的分子机制和生理功能上的开拓性研究获得诺贝尔奖以来，自噬引起了众多科研工作者的广泛关注，成为当前生命科学/基础医学研究的一大热点。近年来，以细胞自噬为研究对象的高分文章不断涌现，也成为国家自然科学基金的资助项目中炙手可热的研究领域。
今天小编就带大家详细了解一下分析细胞自噬的目的和临床意义。
研究路线





分析目的

• 通过差异分析筛选疾病的细胞自噬相关差异基因（校正前后的箱线图、火山图、热图、韦恩图，8-10个图）；
  
• 对细胞自噬相关差异基因进行生物学功能及通路富集分析（气泡图、柱状图、circos图，4-6个图）；
  
• 单因素cox、Lasso回归分析构建疾病风险模型，并通过生存分析、ROC曲线以及外部验证集对模型进行检验（森林图、拟合曲线、散点图、折线图，8-12个图）；
  
• 基于构建的风险模型，对样本进行分组以及临床特征分析（小提琴图、箱线图、折线图、散点图、瀑布图等，8-12个图）；
  
• 多因素cox构建预后模型并绘制列线图，在临床中对患者状况进行评估（森林图、列线图、折线图，3-5个图）。
  

临床意义

• 在基因水平探索与疾病相关的自噬相关基因的特征模型；
  
• 结合临床数据绘制预后列线图，可以指导患者的个体化治疗；
  
• 挖掘疾病中存在差异的生物学过程，对疾病的治疗提供潜在的方向；
  
• 对患者的生存进行预测，以便对患者采取更精确的个体化治疗策略，包括更积极的治疗和更密切的随访。
  

推荐范围

肿瘤内科、风湿免疫科、心血管内科、心血管外科、呼吸内科、神经内科、神经外科、骨科、妇产科、耳鼻喉科、皮肤科、消化内科、内分泌科、儿科、口腔科、肾内科、泌尿外科、血液内科、老年科、胸外科、眼科、皮肤性病科等。
结果示例





参考文献

• White E. The role for autophagy in cancer. J Clin Invest. 2015,125(1):42-46.
  
• Liu X, Ma B, Chen M, Zhang Y, Ma Z, Chen H. Prognostic Autophagy-Related Genes of Gastric Cancer Patients on Chemotherapy. Front Genet. 2021, 12:720849.
  
• Deng G, Wang W, Li Y, Sun H, Chen X, Zeng F. Nomogram based on autophagy related genes for predicting the survival in melanoma. BMC Cancer. 2021, 21(1):1258.
  

编者总结

2021年国自然医学部有关细胞自噬的课题达到358项，可见自噬仍是国自然的热点之一。但更多的细胞自噬思路还有待探寻，对于该思路有兴趣的老师可以联系小编哈~