【科研热点】溶酶体相关基因

梦想王老伍

溶酶体（lysosome）又称溶体、溶小体，存在于细胞（多存在于动物细胞中，植物细胞内不常见）中，属于细胞的内膜系统，由高基氏复合体产生，是单层膜的囊状胞器，内部含有数十种从高基氏体送来的水解酶，这些酶在弱酸性环境之下（通常为 PH 值 4.5-5.0）能有效分解生命所需的有机物质。溶小体是细胞的回收中心，它将损坏的构造消化分解并进行回收利用(协助细胞内各种组成物质的更新)，还可将细胞吞入的颗粒消化分解(胞内消化)。2016 诺贝尔生理医学奖得主-大隅良典，研究细胞的自噬作用，与溶体有关。
2022 年 9 月 7 日，谭小军等人在 Nature 杂志发布了一篇题为：A phosphoinositide signalling pathway mediates rapid lysosomal repair的学术论文。


该文章首次提出了一种溶酶体快速修复机制：磷酸肌醇膜束缚和脂质转运途径，简称 PITT。该研究结果表明 PITT 通路维持溶酶体膜的完整性，可能对以溶酶体功能受损为特征的多种年龄依赖性（衰老）疾病具有治疗意义。
2022年9月Science杂志背靠背连发了两篇关于溶酶体的研究。第一篇使用基因组CRISPR筛选技术来识别溶酶体酶转运因子(LYSET)，该因子对组织蛋白酶依赖性病毒(包括SARS-CoV-2)的感染至关重要，是溶酶体酶转运所必需的。


第二篇发现LYSET缺陷细胞的溶酶体酶被耗尽，大胞饮作用和自噬底物的转运受损，证实LYSET是溶酶体酶转运途径的核心成分。


    接连发在SCN这样顶级的杂志上，是不是足以说明溶酶体是研究的热点呢？

前面小编跟大家分享过一下科研热点相关的基因集
☞ m6A甲基化相关基因集
☞ RNA m5C甲基化相关基因列表
☞ 铁死亡相关基因集
☞ 铜死亡相关基因集
☞ SCI文章中经常出现的免疫相关基因集
☞ 科研新热点——血管生成相关基因
☞自噬相关基因集合
☞【科研热点】缺氧(hypoxia)相关基因
☞【科研热点】趋化因子/受体相关基因
☞ 失巢凋亡(Anoikis)相关基因
今天我们就跟大家分享一下溶酶体相关的基因集合。其实在GSEA数据库里面已经收录了溶酶体相关的基因集。GSEA这个数据库，小编前面也跟大家分享过。
☞ GSEA数据集介绍
☞ 从GSEA官网下载缺氧(hypoxia)相关基因
☞ 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)
通过下面这个链接，我们可以直接找到溶酶体基因集的网页
https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/LYSOSOME


在下方的show members里面哦我们可以看到具体的61个跟溶酶体相关的基因。


我们可以在Download gene set那一行，把这个基因集下载到本地。假如我们下载的是gmt格式的文件，我们就能得到如下内容。关于gmt格式可以参考
☞ 基因矩阵转置文件格式（* .gmt）
☞ R读取gmt文件


近期连续发表的多篇CNS文章都证明溶酶体是一个研究热点，那么溶酶体也会很快成为下一个生信分析热点！趁着现在溶酶体相关的生信分析思路还没涌现，可分析的空间非常大，我们利用上面讲到的溶酶体相关的基因集，进行生信分析，肿瘤和非肿瘤疾病都可以分析。可以是分析溶酶体相关基因、溶酶体相关signature、预后模型、风险评估模型、溶酶体相关非编码RNA等与疾病的相关性，还可以将溶酶体相关基因与其他热点（比如铁死亡、铜死亡，自噬等）关联分析。如果有单细胞测序数据也可以联合起来分析。